一、人为的分类
植物分类学是植物科学中产生最早和最基本的科学。自从人类有了利用植物的活动，也就有了植物分类知识的萌芽。任何科学的发展都受到当时社会生产力的水平、科学技术的发展水平，以及当时社会的伦理道德观念等各方面的影响和制约。回顾植物分类学的发展史，可以大体上把植物分类分成林奈以前(约公元前300一公元1753)和林奈以后(从1753年到现在)两个大的时期。林奈以前的时期由于生产力水平很低，科学技术水平也低，而且受到“神创论”、“不变论”的思想统治，这一时期的植物分类和分类方法基本上为人为的方法(artificial)，其基本特征是根据植物的用途，或仅根据植物的一个或几个明显的形态特征进行分类，而不考虑植物种类彼此间的亲缘关系和在系统发育中的地位。如古希腊的亚里士多德(Aristotle，公元前384一公元前322)将植物分为乔木、灌木和草本三大类，中国晋朝的嵇含(公元304)撰写的《南方草木状》为我国的第一部地方志，明代李时珍(1518—1593)所著《本草纲目》将所收集的1000余种植物分为草、谷、菜、果、木5部和山草、芳草等30类，清代吴其濬在《植物名实图考》中也将植物分为谷、蔬、山草、隰草、石草、水草、蔓草、芳草、毒草、群芳、果、木12类。代表这一时期分类思想顶峰的为瑞典的林奈，他选择了植物的生殖器官如雌蕊和雄蕊的数目和形态为特征，即依据雄蕊的特征作为纲的分类标准;依据雌蕊的特征作为目的分类标准;依据果实的特征作为属的分类标准;依据叶子的特征作为种的分类标准。应该肯定，上述的分类方法虽然是人为的，但对人类的生产和生活等实际应用都起了重要作用，并为科学的分类积累了丰富的资料和经验。但是这些方法仍然是不够科学的，其结果可能会给植物分类带来混乱，不符合植物界的自然发生和发展，不能反映植物间的亲缘关系。
二、自然的分类
植物分类发展的第二个时期，即林奈以后的时期，这个时期的最大变化是逐步由人为的分类方法发展到自然的(natural)分类方法。所谓自然的分类方法就是最接近进化理论，最能反映植物亲缘关系和系统发育的方法。这种分类方法是从形态学、解剖学、细胞学、遗传学、生物化学、生态学、古生物学等综合学科进行分类，特别依据最能反映亲缘关系和系统演化的主要性状进行分类。自然分类方法的发展是和达尔文的进化理论分不开的。1859年达尔文根据他亲身的考察和仔细的分析所获得的各种证据，总结了在他之前的一些学者有关生物进化的观点，创立了进化学说，发表了《物种起源》一书，有力地冲击了“神创论”和“不变论”。分类学开始从对种本身的描述，转到了重点描述能反映遗传进化关系的特征，并探讨建立植物界符合自然发展的进化谱系。林奈以后已有许多学者提出了有显著进步的分类方法，其中具有代表性的有柏纳(Bernard)与裕苏(Antoine Laurent de Jussieu)的分类法，边沁(Bentham)与虎克(Hooker)的《植物志属》(genera plantarum)，其方法后来为恩格勒(Engler)与柏兰特(Prant)采用于《植物自然分科志》(naturalichenpflanzenfamilien)内。现代被子植物的主要分类系统有恩格勒(Engler)分类系统(1897)、哈钦松(J.Hutchinson)系统(1926)、塔赫他间(A.Takhtajan)系统(1942)和克朗奎斯特(Cronquist)系统(1958)。我国著名分类学家胡先辅也曾于1950年提出了一个被子植物的多元系统。这些系统虽然还只是个初步的，距离建立起一个较完备的自然进化系统相差很远，而且这些系统间还很多相反的理论和观点，但它们比起人为的分类系统显然是一个质的飞跃。由于植物界经历了几十亿年的发生发展史，许多种类已经绝灭，因此探讨一个符合自然发展的分类系统是非常困难的，这是一项长期的多学科的共同任务。(周云龙主编，《植物生物学》，高等教育出版社，2004)